南京林业大学机械电子工程学院，1958年招收第一届本科生，1960年建系。1994年1月成立机械工程学院，1997年7月更名为机械电子工程学院。1981年获林业与木工机械硕士学位授予权，1994年获林业与木工机械博士学位授予权，1998年调整为机械设计与理论博士学科点，2011年获机械工程一级学科博士学位授予权。

学院现有教职工95名，其中教授20人、副教授28人，34.7%具有博士学位，博士生导师13人、全国“优秀教师”1人、江苏省“333工程”学科带头人2人、“青蓝工程”中青年学术带头人4人、“六大人才高峰”培养对象4人。近几年出版教材和专著30多部，取得专利30多项，主持和参加国家自然科学基金、国家“十一五”科技支撑计划、国家“863”计划、国家公益性行业科研专项以及国家林业局“948”等国家、部省级科研项目共60余项，累计科研经费2700多万元。获得江苏省级科技奖4项，梁希林业科学技术二等奖1项，发表论文近500篇。

学院下设林业机械系、机械制造工程系、自动化系、机械电子工程系、过程装备与控制工程系、测控技术系、工程图学教研室、力学教研室、机械基础实验中心和机械工程实验中心。现有3个江苏省工程技术研究中心，12个产学研基地和4个人才培养基地，具有烟雾载药及脉动燃烧技术、数控木竹加工等19个用于研究生培养的专业实验室，机械基础工程、木竹加工装备等24个用于本学科研究生、本科生培养的教学实验室，总占地面积约6700多平方米，仪器设备总价值7300多万元。

学院目前在校本科生1460人，研究生100多人。现有机械设计制造及其自动化（机械设计及其自动化、机械制造及其自动化、机械电子工程专业方向）、 自动化、过程装备与控制工程、测控技术与仪器等4个本科专业，其中机械设计制造及其自动化为国家级特色专业建设点。现有机械工程一级学科博士点、机械工程一级学科硕士点；机械制造及其自动化、机械电子工程、机械设计及理论、车辆工程等4个二级学科博士点；机械制造及其自动化、机械电子工程、机械设计及理论、车辆工程、检测技术与自动化装置、农业机械化工程、控制理论与控制工程等7个二级学科硕士点；机械工程、控制工程等2个工程硕士专业学位点和农业机械化硕士专业学位点。学院积极开展对外学术交流，先后派教师赴美国、德国、日本、芬兰、韩国等进修访问和合作研究，并多次邀请和接待美国、德国、加拿大、澳大利亚等国专家来学院学术交流。学院立足于江苏乃至全国机械行业的发展，坚持特色发展，在林业机械、木竹加工装备与刀具、人造板制造设备运行状态监测与故障诊断、生物传感器技术；木竹加工表面质量在线无损监测、自适应控制农产品深加工技术与装备、先进制造技术、光机电一体化、流体机械与密封技术等方向进行了深入研究，取得相当多的成果。